Stojić je imao problema sa austrijskim vlastima jer ga je u Beču zaustavila policija zbog administrativnog propusta jer njegov odlazak iz zemlje nije bio najavljen 24 sata unaprijed.

Zbog toga je Stojić morao napustiti popodnevni let i čekati sljedeći raspoloživi avion. Ipak, kako piše Hina, on je uspio otputovati kasnijim letom i sinoć je oko 22 sata sletio u Zagreb, gdje su ga dočekali bliski članovi porodice i prijatelji.

Stojić je bio jedan od ključnih aktera politike koja je, prema presudi Haga, vodila sistemskoj kampanji progona i zločina nad Bošnjacima, pušten je na slobodu nakon što je izdržao 19 od 20 godina zatvorske kazne.

Haški tribunal je utvrdio da je u toj ulozi bio jedan od glavnih izvršilaca politike etničkog čišćenja nad Bošnjacima u Hercegovini i srednjoj Bosni, uključujući masovna hapšenja, protjerivanja, zlostavljanja, operacije opsade i organizaciju mreže zatočeničkih centara.

U presudi u predmetu "Prlić i ostali", koja je konačno potvrđena 2017. godine, Stojić je osuđen na 20 godina zatvora zbog progona, ubistava, deportacija, prisilnog premještanja, nezakonitog zatočenja, nečovječnog postupanja, uništavanja imovine i drugih zločina.

On je također 2022. godine poslao pismo Međunarodnom mehanizmu za krivične sudove u kojem je otvoreno priznao ličnu ulogu u udruženom zločinačkom poduhvatu, opsadi Mostara i svim ostalim zločinima navedenim u presudi.