Njegova je nova vlast predvođena Zoranom Đinđićem stavila pod policijski nadzor u januaru 2021. godine i pokrenula istragu zbog zloupotrebe položaja.

Milošević je tek nakon masovnih protesta priznao poraz na izborima, a pritisak je kulminirao krajem marta dok je bio izolovan u bivšoj vili Tita.

Sve to je ekranizirano u seriji Porodica, koja opisuje posljednjih 48 sati prije hapšenja.

Pravosuđe u Srbiji ga je optužilo za zloupotrebu položaja s ciljem pogodovanja sebi i Socijalističkoj partiji Srbije.

Akcija hapšenja je počela dva dana ranije a interesantno je da su bili sedmosatni pregovori o predaji.

Međunarodni krivični tribunal za bivšu Jugoslaviju (ICTY) insistirao je na izručenju Miloševića, pozivajući se na međunarodne obaveze SR Jugoslavije. Sjedinjene Američke Države dodatno su vršile pritisak, uslovljavajući ekonomsku pomoć Beogradu izručenjem bivšeg predsjednika.

Uz odobrenje premijera Zorana Đinđića, Milošević je krajem juna 2001. godine predat Hagu, gdje je bio optužen za genocid i ratne zločine počinjene u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini i na Kosovu tokom 90-ih godina.

Odbio je da prizna legitimitet suda, a suđenje, koje je počelo 12. februara 2002., trajalo je nekoliko godina i izazvalo brojne kontroverze u regionu.

Braneći se sam i narušenog zdravlja, Milošević je tražio da mu se odobri privremeno puštanje na slobodu radi liječenja u Rusiji. Međutim, ICTY je taj zahtjev odbio, plašeći se da bi u Moskvi mogao da se pridruži supruzi i sinu, za kojima su srpske vlasti raspisale potjernice, a koji su u Rusiji dobili politički azil.

Nije dočekao kraj suđenja i presudu – preminuo je 11. marta 2006. godine u ćeliji u Scheveningenu. Sahranjen je 15. marta u dvorištu porodične kuće u Požarevcu, ali niko iz najuže porodice – supruga Mirjana, kćerka Marija i sin Marko – nije prisustvovao sahrani.

Njegova supruga Mirjana Marković preminula je 2019. godine u Moskvi, gdje je i sahranjena u porodičnoj grobnici.